In seizoen twee zal de bemanning van de U.S.S. Enterprise, onder leiding van kapitein Christopher Pike, confronteert steeds gevaarlijkere belangen, verkent onbekende gebieden en ontmoet nieuw leven en nieuwe beschavingen. De bemanning zal ook beginnen aan persoonlijke reizen die hun vastberadenheid op de proef zullen blijven stellen en hun lot zullen herdefiniëren. Geconfronteerd met zowel nieuwe als bekende vrienden en vijanden, zullen hun avonturen zich ontvouwen op verrassende manieren die nog nooit eerder zijn vertoond.
