Shelter vertelt het verhaal van Rin, een 17-jarig meisje dat haar leven leidt in een futuristische simulatie, volledig alleen in oneindige, prachtige eenzaamheid. Elke dag wordt Rin wakker in virtual reality en gebruikt ze een tablet die de simulatie bestuurt om een nieuwe, andere, mooie wereld voor zichzelf te creëren. Totdat op een dag alles verandert en Rin in een simulatie de ware oorsprong achter haar leven ontdekt.
