Yumi Ikoma en Ryou Masaoka zijn kinderen die zijn geselecteerd om deel te nemen aan een uiterst geheime missie, om de piloten te zijn van de eerste Fafner-gevechtseenheden; de laatste kans om te overleven voor het menselijk ras. De vijand is meedogenloos en is in staat om de gedachten van mensen te lezen. Daarom worden de details van deze missie geheim gehouden, zelfs voor het betrokken personeel. De jonge piloten moeten al hun moed en geloof gebruiken om te overleven en hun missie te voltooien, anders zou het lot van de mensheid in gevaar komen.
