이것이 이 교사에서 행해지는 마지막 문화제이니까 ―― 21세기의 처음의, 가을의 우치하마 지구. 우치하마 학원은 역대 최고조의 열기를 보이고 있었다. 집행부를 중심으로 개최되는, 각 문화 학회 최대의 볼거리 종합 학회. 그것은 신교사 건설과 함께, 폐교가 정해진 구교사에서의 마지막 축제였다. 당연, 각 문화 학회의 회장들을 시작으로 학생들은 총력을 기울여 이 마지막 문화제를 성공으로 이끌려 하고 있었다. 몇번이나 상을 받은 미술회의 전람회, 취주악회 총출동의 대공연회, 식물 유전자의 재편성으로 실적이 있는 생물학회. 실력 있는 학회가 참전을 자청할 때마다, 사기는 높아져 간다. 그리고 ―― 그 높은 사기는 주인공 아키야마 소우가 소속된 「천문학회」에의 기대로 이어졌다. 활동 내용 불명, 연구 미발표이지만 그들이라면 무엇인가를 일으킬 수 있다. 그런 희망적 관측을 기본으로, 이 학회에 부과된 사명은 단지 하나. "각 학회에 의한 과잉활동과 소란의 진압이나 활동 장해의 철거, 그리고 여름 전부터 시작된 이상한 사건의 해결" 이었다. 일어서는 교내 굴지의 빅 네임인 학회 멤버들. 합기도의 달인 부장 하세쿠라 아이리. 제33회 신부로 삼고 싶은 선수권 TOP3 사사키 카오리. 과묵한 전학생 후루카와 유이. 독설가 하나미야 나기사. 또 천문학회 겸 미국에서 온 교환 유학생 오사후네 KENNY 에이타로. 전교의 기대를 짊어지고, 마지막 문화제를 향해서 그들이 움직이기 시작한다――
