눈이 소복하게 쌓인 어느 겨울날. 나츠메와 야옹선생은 시바노하라를 찾는다. 그곳에는 오래전 숲의 수호신이었던 두 개의 석상이 있었는데, 지금은 하나밖에 남아있지 않았다. 그리고 그곳에서 느닷없이 나츠메에게 달려드는 요괴가 있었는데, 바로 남아있는 석상에 깃들어있던 '겐’이었다. 겐은 봉인에서 풀려난 악령이 숲을 망가뜨리고 있다며 나츠메에게 도움을 요청했다. 그러나 그 악령의 정체는 겐과 함께 숲을 지키던 또 하나의 수호신인 ‘스이’였던 것이다. 스이는 겐과 함께 숲을 돌보며, 자신들을 찾아오는 인간들에게도 호감을 갖고 있었다. 그러나 어느 날, 가뭄이 들어 수확을 할 수 없게 된 인간들이 이들에게 원망을 돌려 석상을 파괴했고, 이에 상심을 한 스이가 원한을 품고 악령이 되었던 것이다. 스이의 한을 풀어주기 위해 겐은 나츠메와 함께 필사적으로 악령의 뒤를 쫓아 드디어 스이를 붙잡는다. 그리고 오랜 시간 외로움을 견뎌온 겐은 스이의 마음을 달래어 함께 떠나게 된다.
