레이코의 유품 속에서 전차표를 발견한 나츠메. 그 표에 씌어진 역에 가보니, 그곳에는 지금껏 레이코를 기다리고 있는 털북숭이 요괴가 있었다. 나츠메는 레이코와 이곳에서 만나기로 약속했다는 요괴 ‘산토’에게 이름을 돌려주고, 자신에게 흘러들어온 기억을 통해 레이코가 산토를 도와주려고 했다는 사실을 알게 된다. 산토는 키리가누마에서 자신에게 화가 난 친구와 화해를 하고 다시 함께 사이좋게 지내기를 바랐는데, 레이코가 도와주기로 했던 것이다. 나츠메는 할머니가 못다 한 일을 하기 위해, 산토와 함께 약속의 장소인 키리가누마로 향한다. 그리고 드디어 호수에서 미쿠리라는 요괴를 만난 산토는 미쿠리와 화해를 하고 사이좋게 산으로 향한다.
