Season 1의 라스트, 사르도니아 공화국 대통령 암살이 미수에 그친 공항 폭탄 테러 사건으로부터 반년 후, 쿠라키는 아내, 치히로가 정예 부대로 참가한 공안의 극비리 잠입 수사 그라크α 작전의 진상을 혼자서 쫓고 있었다.왜 6명의 잠입 수사관 가운데 치히로만 살아 돌아왔을까.억류된 공백 72시간의 진상을 풀 단서를 러시아 첩보원 이반 타일러가 쥐고 있다는 것을 알고 타일러의 정체와 소재를 가리기 위해 러시아 그루지브공화국에 정통한 자유기고가 나바시오리를 접촉한다.그 무렵, 홋카이도의 에너지 시설이 러시아의 무장 공작 그룹에 총격·폭파되는 사건이 발생한다.수사를 담당하는 명성그에게는 과거 우수한 공안경찰관이던 아버지가 있었지만 고등학생 때 갑자기 실종된 뒤 집에서 계속 울리는 무언전화가 사실은 아버지에게서 온 게 아니냐는 의혹에 사로잡혀 있었다.한쪽에선 목 뒤쪽에서 아이스픽 형태의 흉기로 살해된 시체가 발견된다.죽었을 니이야 히로미와 같은 수법을 의심스럽게 생각하는 쿠라키와 오스기, 그리고 아키라성은 폭파된 에너지 시설의 방범 카메라에 니타니와 같은 얼굴의 남자가 비치고 있는 것을 확인한다.그것은 히로미의 일란성 쌍둥이의 오빠로, 긴자 폭탄 사건 후에 입막음 때문에, 동쪽의 부하가 절벽에서 바다에 떠밀려 사망으로 여겨졌던 니타니 카즈히코였다.게다가 집념으로 타일러를 쫓는 쿠라키는 누군가의 함정에 빠져, 배후에서 차량째로 폭사한 모리하라 관방장관의 살해 용의로 지명 수배된다.그 뒤에는 공항 폭탄테러 사건의 진상을 알게 된 이케자와 공안부장이 새로운 음모를 추진하고 있었다.
