정체불명의 외계인 가우나에 의해 태양계가 파괴되고, 간신히 살아남은 인류는 거대한 성간 우주선 '시도니아'를 타고 여행을 떠나야만 했다. 그 항해로부터 약 1000년 후--. 시도니아의 지하에서 할아버지에 의해 조용히 자란 타니카제 나가테는 할아버지의 죽음 이후 식량이 떨어져 지상으로 나오자 쌀 도둑으로 체포되고 만다. 이 때 그를 구해준 것은 시도니아호의 선장이었다. 그녀의 보호 아래 인간형 거대 갑옷인 모리토의 조종사 훈련학교에 입학하게 된 나가테는 할아버지가 아닌 처음 보는 다른 인간들과 교류하게 된다. 그리고 옛 영웅이 타고 다녔다는 17식 모리토 시라츠키 츠구모리(継衛)를 받아 첫 임무를 맡게 되는데, ...... 100년 만에 모습을 드러낸 가우나를 만나게 된다.
