뇌문시티를 향한 긴 여행을 대비하여, 잠을 청하고 있는 지우와 친구들의 근처로 갑자기 수수께끼의 비행물체가 굉장한 빛을 내면서 날아온다. 그 움직임은 마치 UFO와 같은데... 아침이 밝자마자 그 수수께끼의 비행물체의 정보를 얻기 위해 마을을 방문한 지우와 친구들은, “삼정”이라는 박사가 변두리의 연구소에 살고 있다는 것을 듣게 된다. 삼정박사에게 물어보기 위해 지우와 친구들은 연구소로 향한다. 그러나 연구소 앞에 거의 다다른 셋은 이상한 현상을 경험한다! 갑자기 머릿속에 본 적도 없는 이미지가 떠오른 것이다! 갑작스런 상황에 불안해하는 지우와 친구들. 그리고 그 모습을 어두운 곳에서 지켜보고 있는 그림자가... 손가락 끝의 라이트를 불규칙적으로 깜박거리는 “브레인포켓몬” 리그레다...!
