다시 만날 것을 약속한 형제의 소원은 수수께끼 투성이의 음모에 휘말려 들어간다! 두 개의 세계로 헤어져버린 엘릭 형제는 다시 만나기 위한 수단을 강구한다. 형 에드워드 엘릭(에드)은 세계 대전의 전운이 감도는 격동의 서기 1923년 독일의 뮌헨으로 날아가버린 상태. 그곳에서 에드는 동생인 알과 너무나도 쏙 빼닮은 알폰스 하이데리히라는 청년을 만나, 로켓 공학의 힘으로 고향으로 돌아가려 한다. 그러나 좀처럼 쉽게 풀리지 않자 에드는 잘 적응할 수 없는 이 세계에서 공중에 붕 뜬듯 방황하게 된다. 그런 에드의 앞에 뜻밖의 형태로 길이 열린다. 어둠 속에 움직이는 존재, 즉 이상향 "샴발라"를 추구하는 사람들의 움직임이 바로 그것이었다. 제 1차 세계 대전에서 패한 충격으로 패닉 상태가 된 뮌헨에서는 살인적인 인플레이션이 진행되고, 불만을 품은 자들의 조직적인 움직임도 감지되는 상태였다. 그런 불온한 사회 분위기 속에 토레라는 이름의 협회는 알폰스 일행의 로켓 실험에 관심을 보인다. 하지만 그들의 목적은 바로 오컬트와 과학을 접목시켜 샴발라로 가는 길을 열어, 배타적인 단일 민족 국가를 세우려는 것이었다. 에드는 마브제라고 자신을 밝힌 수수께의 남자와 만나게 된다. 그가 원하는 것은 토레 협회가 은밀하게 입수했다고 하는 전설의 "드래곤"이었다. 수상한 기운이 떠도는 고성에서 드래곤과 만나게 된 에드. 그러나 그건 바로 변형된 모습의 호문쿨러스 엔비였는데....
