페인은 나루토에게 자신의 아픔을 얘기해주기로 한다. 비마을에 살던 나가토, 어느날 밤 음식을 찾으러 집에 들어온 나뭇잎닌자들은 피하려던 나가토 가족을 적으로 오인하고 부모님을 죽이고 만 것. 큰 아픔을 겪은 나가토는 혼자 집을 나서고 떠돌이개와 함께 떠돌다 굶어 죽으려던 찰나 코난에게 구해져 야히코와 만나게 된다. 전쟁고아로 도둑질을 하며 악착같이 살아가던 두 사람과 함께 나름 행복하게 지내지만 한조와 전설의 세 닌자의 싸움에 휘말려 떠돌이개가 죽고 절망하던 야히코는 이런 세상이라면 자신이 세상의 신이 되겠다는 말을 뱉고 그 때 야히코의 꿈은 나가토의 꿈이 된다. 야히코는 강해져야한다며 전설의 세 닌자의 제자가 되기 위해 길을 떠나자는 야히코, 세 사람은 전설의 세 닌자를 찾아 떠나고 전쟁터에서 온갖 위험을 겪으며 힘든 길을 가던 아이들은 마침내 전설의 세 닌자와 만나게 된다.
