히덴 인텔리전스가 개발한 신형 AI로봇 휴머기어의 본격적인 실용 도입이 시작되었다. 인간과 구별할 수 없을 정도로 정교하게 만들어진 휴머기어는 여러 직장에 녹아들기 시작했다. 한편, 이 상황을 탐탁찮게 받아들인 테러리스트 집단 멸망신뢰.net은 휴머기어를 해킹, 폭주시켜 인류를 멸망시키려 한다. 정부는 재빨리 그들의 행동을 파악하여, 폭주하는 AI로봇의 진압과 치안 유지를 위해 내각 관방 직속 기관인 대인공지능 특무 기관 A.I.M.S를 설립한다. 그런 가운데 절망적인 유머 감각에도 불구하고 개그맨을 목표로 하던 히덴 아루토는 AI로 인해 개그맨으로서 활약할 직장을 빼앗기고 만다. 실의에 빠진 와중에 히덴 인텔리전스의 창립자이자 사장인 아루토의 조부가 사망하고, 그가 남긴 유언에 따라 아루토는 히덴 인텔리전스 2대 사장으로 지명받는다. 아루토는 거대 기업의 사장같은 자리에는 흥미가 없었지만, 그의 눈앞에서 멸망신뢰.net의 해킹에 의해 휴머기어가 폭주하게 되고 아루토는 히덴 인텔리전스의 사장만이 가질 수 있는 제로원 드라이버를 받아 가면라이더 제로원으로 변신한다. 히덴 인텔리전스의 새로운 사장으로 취임해 AI를 둘러싼 싸움에 몸을 던지는 히덴 아루토. 그는 멸망신뢰.net 뿐만 아니라 AI를 적대시하는 A.I.M.S, AI 개발 경쟁이나 이권을 둘러싼 인간들의 계산과도 맞붙게 된다.
