브레이번한테 거절당해 내심 마음에 상처를 입었던 스미스는 해안가에서 수수께끼의 소녀와 마주쳤다. 그녀가 적과 관련 있는 인물은 아닌가 의심했지만, 갈 곳 없는 그녀를 내버려둘 순 없어 스미스는 그녀를 어딘가에 숨겼다. 한편 이사미는 억지로 브레이번에 타게 된 것에 대한 정신적 상처 때문에 콕핏 안에 틀어박혀 있었다. 그런 상황 속에서 살아남은 각국 군대는 브레이번을 기반으로 하는 다국적 임무 부대(ATF)를 결성해, 세계를 해방시키기 위한 전투를 준비했다. 하지만 ATF의 핵심이 되는 항공모함을 향해서 불온한 그림자가 다가오고 있었는데.
