주둔지에서는 골렘의 연이은 공격으로 안전을 위협받고 있다. 자위대 인원도 급격히 감소하여 결국 자위대와 민간인이 함께 자경단을 꾸려 새로운 보금자리를 찾아 떠나갈 준비를 하고, 쿠루미는 백신 개발에 좌절한 슈토를 돕기 위해 자신을 실험대로 삼아 임상 시험을 계속한다. 한편, 사루노시마에 있던 히비키와 동료들은 민준을 잃은 슬픔과 복수심으로 가득하다. 이내 마지막 남은 사루노시마를 지키기 위해 공생하고 있던 츠보이에게 섬을 함께 지켜내자고 제안한다. 그러던 어느 날, 섬에 수상한 고무보트 한 척이 도착한 것을 발견하게 되는데...
