Nella seconda stagione Lois e Clark affrontano una crisi di coppia e Jonathan affronta nuove sfide nel football. Alcuni segreti minacciano la relazione tra Jordan e Sarah, mentre Chrissy si adatta con fatica al ruolo di proprietaria della Smallville Gazette, insieme a Lois. Lana è sempre più coinvolta nel ruolo di candidato sindaco, ma Kyle è preoccupata.