L'astronave madre Yamatai viene dotata d'un congegno in grado di catturare tutta la potenza energetica proveniente da Jeeg e ritorcergliela immediatamente contro; Flora assume il comando dell'operazione, quale primo generale dell'esercito dell'imperatore. Alla base di Dairi invece si è appena installato nel Big Shooter un nuovo prototipo di motore che gli permetterà di decollare ed atterrare verticalmente.
