La serie animata è ambientata dopo le vicende del film Madagascar 2, quindi dopo che i quattro protagonisti della serie cinematografica - Alex, Marty, Melman e Gloria - hanno deciso di rimanere per un po' in Kenya. I pinguini, prima di assaporare Monte Carlo, sono tornati a New York per un anno o di più, allo zoo di Central Park dove sono presenti anche i lemuri Re Julien, Maurice e Mortino. La presenza dei tre lemuri è dovuta al fatto che si sono fatti spedire dentro una cassa dal Kenya al Madagascar e da esso a New York (come viene fatto vedere nella sigla iniziale), e poi torneranno dopo un anno in Africa, come all'inizio del terzo film.
