Il film si apre sull'ultimo giorno di vita del frate con le stimmate. Attraverso i racconti che fa al Visitatore, un cardinale arrivato da Roma, simbolo per la storia delle innumerevoli incursioni del Sant'Uffizio sull'attività di Padre Pio, scorre la storia della sua vita, con le tappe fondamentali del suo percorso umano e sacerdotale.
