La 2a stagione inizia dopo che Lord Asriel ha aperto un ponte verso un nuovo mondo e, sconvolta per la morte della sua migliore amica, Lyra segue Asriel nell'ignoto. In una strana e misteriosa città abbandonata incontra Will, un ragazzo del nostro mondo anche lui in fuga da un passato travagliato. La signora Coulter cerca Lyra, determinata a riportarla a casa con ogni mezzo necessario.
