Alex Parrish, una delle migliori reclute addestrate a Quantico dall’FBI, viene accusata di aver organizzato un attacco terroristico. L’agente Ryan Booth, che nel periodo dell’addestramento era stato incaricato dall’agente speciale Liam O'Connor di sorvegliare Alex sotto copertura, viene trovato ferito nell’appartamento della ragazza. Alex viene arrestata ma Miranda Shaw, il suo mentore a Quantico, l’aiuta a fuggire.