Ora che l'equipaggio dell'Arcadia si è sciolto e sembra prevalere la pace nello spazio e con esso la fine dell'era dei pirati, l'ultima compagna del pirata spaziale Capitan Herlock, Kei Yuki, viene catturata dalle forze dell'ordine. Inoltre, i 4 scienziati posseduti da Noo tornano in vita e fuggono dal loro pianeta Panopticon, con l'astronave Fata Morgana e derubano il professor Daiba della sua lastra. Herlock giunge in tempo, mantenendo la promessa che fece al professore, eliminarlo se lui fosse stato per cedere alla tentazione di tradire l'umanità. I quattro Noo fuggono in direzione del sistema solare distruggendo la Terra con un raggio d'energia. Nel contempo spargono paura nei cuori degli abitanti dei vari pianeti, facendo scoppiare una guerra interplanetaria. Herlock libera i suoi ex compagni dalla prigione sul pianeta Panopticon ed organizza una spedizione con loro tutti e Tadashi verso il Sistema Solare. Tadashi però spera di poter vendicare la morte del padre che lui crede ucciso dai Noo, senza sapere che è lo stesso Herlock il vero responsabile. Grazie all'anima del suo grande amico, Tochiro, Herlock sconfigge i Noo
