Una serie di incidenti ferroviari dovuti a un sabotaggio mettono in allarme l'FBI. Charlie e Amita cercano di decifrare un codice numerico lasciato dall'attentatore sul luogo dei disastri e scoprono che la dinamica degli incidenti è la stessa di un altro incidente ferroviario avvenuto anni prima al quale era sopravvissuto un solo uomo.