In questa seconda stagione i protagonisti fanno ancora i conti con le conseguenze dell'esplosione del Manufatto e del paradosso temporale. Continuano gli esperimenti alla Global Dynamics e gli eventi inspiegabili ad essi connessi, mentre l'ex-moglie di Carter arriva a sorpresa per il compleanno di Zoe. Altri incidenti si susseguono, causati spesso dal conflitto tra efficienza, scienza e scelte umane.
