Il Segretario Jarvis assegna a Tony il compito di investigare sulla morte di un Capitano della Marina trovato con un'incisione sul braccio. Dopo che Ducky scopre dalle riprese della sicurezza EJ Barrett rimuovere un microchip dal cadavere dell'Agente Speciale Gayne Levin, i sospetti cadono su di lei. L'MCRT inizia a sospettare che EJ sia il bersaglio delle indagini di Tony, ma EJ confida a Tony che Levin le ha chiesto di rimuovere il microchip. La squadra apprende che i microchip consentono l'accesso a Flotte della Marina classificate, conosciute come le 'Guardiane'. Tony viene adescato a un incontro con EJ e il suo compratore, che si rivela essere l'altro membro della squadra di Barrett e l'obiettivo delle indagini di Tony, l'Agente Speciale Simon Cade. Durante l'incontro, sparano a tutti e tre. Cade rimane ucciso, Tony perde conoscenza e Barrett scompare. Mentre Tony ricorda l'evento, capisce che sono stati ingannati dal cecchino, un agente dell'FBI in combutta con il Direttore delle Operazioni Speciali dell'Ufficio dell'Intelligence della Marina, che ha messo i microchip all'asta.
