Quando il sottufficiale Derick Poulson evade di prigione e chiede a Fornell di scagionarlo, quest'ultimo non può fare a meno di chiedere aiuto a Gibbs, visto che è insieme a lui che aveva arrestato il giovane. Gibbs torna quindi "temporaneamente" a capo della squadra per cercare il fuggitivo e catturarlo. Combattuto tra il suo istinto e i fatti Gibbs dovrà fare i conti con un uomo che sembra prevenire ogni sua mossa. Aiutato da tutta la squadra riesce a capire chi è il vero colpevole e ad apprezzare di nuovo il suo lavoro. La puntata termina con un colpo di scena: Gibbs è di nuovo seduto alla sua scrivania e porta un paio di bei baffoni. A Tony, Ziva e Tim che lo guardano stupiti esclama: "Che c'è?" Gibbs è tornato.
