Gibbs si risveglia dal coma ma non ricorda gli ultimi 15 anni. In suo aiuto arriverà il suo ex mentore, Mike Franks, chiamato dalla direttrice Shepard direttamente dal Messico, dove era andato a vivere dopo essere andato in pensione precocemente, undici anni prima. Si scopre, oltretutto, che Gibbs aveva una moglie, Shannon, e una figlia, Kelly, di cui nessuno sapeva niente, nemmeno il suo amico di vecchia data, Ducky. Le due erano state uccise nel 1991 da un trafficante d'armi (Pedro Ernandez) contro cui Shannon doveva testimoniare: aveva sparato all'agente che guidava l'auto in cui le due stavano viaggiando, uccidendolo, Shannon e Kelly (8 anni) morirono nell'impatto. Intanto Gibbs era in guerra in medio oriente. Gibbs tornato a Washington e fuggito dal coma, conosce Mike, che stava indagando sul caso della moglie e della figlia, quest'ultimo gli fa leggere il fascicolo dell'uomo che le aveva uccise in modo che Gibbs potesse ottenere la sua vendetta. Ziva gli fa visita facendogli tornare la memoria con uno scappellotto così Gibbs torna all'NCIS pronto a sventare il piano terroristico di Pin Pin Pula, ma non viene ascoltato; decide così di dare le dimissioni, affidare la squadra a Tony e raggiungere il suo mentore in Messico.
