Quando Tony apre una misteriosa lettera esce un piccolo soffio di polvere bianca: potrebbe trattarsi di batteri mortali. Vengono avviate subito le procedure per gli attacchi terroristici: Kate e Tony, i più esposti e potenzialmente in pericolo, vengono messi in una camera di isolamento. Nel frattempo McGee e Gibbs cercano di scoprire chi ha spedito la busta e come curare i loro colleghi prima che sia troppo tardi. La salute di Tony peggiora.
