Dopo la partenza di Tony DiNozzo, Gibbs è alla ricerca di un nuovo agente per sostituirlo, ma respinge continuamente le reclute che vengono inviate in prova, per i motivi più assurdi. Questo porta l'agente Alexandra Quinn, che addestra tutti gli agenti NCIS, a recarsi personalmente a Washington DC per capire quale sia l'agente più adatto per entrare nel team. Nel frattempo, il cognato dell'agente Nicholas Torres, un agente infiltrato in una pericolosa organizzazione criminale e scomparso tempo dopo, viene assassinato. Il team riesce a rintracciare Torres e cerca di capire se sia rimasto fedele o meno all'agenzia. Gibbs e Vance decidono di fidarsi di lui e collaborando riescono ad arrestare i membri della famiglia Silva, in cui Torres si era infiltrato negli ultimi mesi. Al termine della missione, l'agente Quinn individua in Torres il perfetto sostituto di Tony. Il giovane agente, benché non abbia mai lavorato in un team, accetta la proposta di Gibbs. Al termine dell'episodio, Jethro propone anche ad Alex Quinn di entrare nella squadra e quest'ultima accetta. La squadra è nuovamente al completo, pronta a risolvere nuovi casi.
