Il cadavere dell'agente speciale dell'NCIS Christopher Pacci viene ritrovato nell'ascensore di un palazzo, ucciso da un colpo di pistola al collo e poi sventrato. Pacci aveva chiesto in precedenza l'aiuto di Gibbs su un vecchio caso, ma questi era troppo impegnato per aiutarlo: si scopre che l'agente aveva chiesto a McGee il fascicolo sul tenente Hamilton Voss, il quale aveva sottratto alcuni milioni alla marina ma risultava essere morto prima del processo. L'indagine rivela che Pacci, quando è stato ucciso, stava pedinando una donna di nome Amanda Reed, le cui foto erano in una scheda SD rinvenuta nel suo esofago. La squadra mette sotto osservazione la casa della donna e Dinozzo la avvicina, flirtando con lei per avere informazioni. Le analisi di Abby rivelano che lei e il tenente Voss (il quale evidentemente non era morto) sono la stessa persona: DiNozzo viene avvisato mentre si trova con l'uomo travestito da donna in un pub e tenta di fermarla dopo averlo baciato, ma di fronte alla pistola gli avventori del locale immobilizzano sia lui che McGee, mentre cerca di soccorrere Tony. Amanda/Voss estrae la pistola dalla borsa e cerca di dileguarsi, all'ingresso viene bloccata da Gibbs che le sbuca innanzi puntandole la pistola alla testa, dicendole il nome dell'agente che aveva brutalmente ucciso e il fatto che fosse un suo amico. Al suo tentativo di reazione, Gibbs per legittima difesa le spara in testa a bruciapelo uccidendola. Alla fine dell'episodio Kate prende in giro Dinozzo per aver baciato un uomo.
