Gli eventi riprendono da dove si era conclusa la stagione precedente: l'ospedale rimane ancora sigillato, mentre il Centro per il Controllo delle Malattie indaga sulla misteriosa e mortale patologia che obbliga John, Abby e gli altri alla quarantena. Mentre Susan inizialmente è lasciata sola a combattere per salvare un paziente, John e Abby si abbandonano al loro romantico destino nei giorni che trascorrono in reparto con Jing-Mei, Gregory e il sempre presente barbone Stan. Nel frattempo Elisabeth, da poco vedova, si sforza di adattare le sue competenze alla natia Inghilterra; la donna è tenuta d'occhio dagli attenti genitori. Robert, in attesa di un'eliambulanza, viene gravemente ferito dal rotore posteriore del mezzo che gli amputa di netto il braccio.
