Il Dr. Cox è ufficialmente il nuovo primario di medicina e subito si rende conto che sarà una vita di sacrifici. Inaspettatamente, Kelso gli dà le prime dritte e gli rivela il lato negativo della sua nuova professione: il primario è obbligato a seguire le regole e ad assumersi molte responsabilità. Cox non potrà più comportarsi come prima. J.D. cerca comunque la complicità di Cox, ma se la vede rifiutare e ne rimane sconvolto. Così è Kelso a farigli capire che ora i "protagonisti sono cambiati": adesso Cox è ciò che una volta era Kelso e J.D. è il nuovo Cox destinato a opporsi a lui per mantenere l'equilibrio tra regole e buonsenso all'interno dell'ospedale. J.D. istigherà Cox a violare le regole ogni volta che ce ne sarà veramente bisogno, e Cox lo odierà per questo. Intanto Carla cerca di istruire Elliot sul modo di trattare con le infermiere. Elliot, infatti, rispetta solamente Carla ma tratta male le altre infermiere dell'ospedale. Così l'amica le fa capire che anche lei sta subendo da quando è diventata amica di due dottori e moglie di un chirurgo; così Elliot afferra la lezione e riesce ad avvicinarsi al gruppo delle infermiere, facendo loro capire che la sua amicizia con Carla può essere un buon modo per appianare i problemi fra medici e infermiere una volta per tutte.
