J.D. ed Elliot sono tornati insieme. Il loro rapporto sembra più maturo e amano condividere le piccole cose. Però i due non hanno ancora fatto sesso perché entrambi vogliono che sia una cosa speciale. Così nel suo giorno libero, Elliot promette a J.D. che, quando tornerà a casa, passerà la notte più speciale della sua vita. Questa sua stessa dichiarazione la getta nel panico, poiché conosce talmente bene J.D. che non sa più cosa inventarsi per sorprenderlo. Così, dopo essersi sfogata lasciando un messaggio alla segreteria telefonica di Carla che è fuori città perché sua zia ha avuto un incidente, rincorre Turk per tutto l'ospedale nei suoi 'pantaloni da biscotto' per capire cosa può piacere a J.D. Dopo aver formulato delle ipotesi molto strampalate, Turk le rivela che il motivo per cui lui e Carla sono così affiatati a letto, è che non cercano ogni volta di renderlo speciale, solo di entrare in sintonia. Alla fine Elliot dà ascolto al suo amico e segue i consigli di Turk, aspettando J.D. a casa esattamente come l'ha lasciato: con i 'pantaloni da biscotto'. J.D., al lavoro, è alle prese con la freddezza di Denise verso i pazienti e tenta di spingerla nella direzione giusta facendole capire che ognuno in ospedale ha i suoi difetti e deve lavorare sodo per cambiarli. Al Dr. Cox viene offerto il posto di primario. Spaventato dalla descrizione del nuovo lavoro da parte di Kelso, Cox inizialmente rifiuta ma, su spinta dello stesso Kelso (minacciato da Jordan), accetterà. Kelso stesso rivela di averlo raccomandato e i due si chiedono se per disgrazia non stiano diventando amici.
