Carla e Turk mandano via di casa J.D. perché vogliono avere un po' di spazio tutto per loro. J.D. comincia quindi a chiedere a tutti un posto per dormire; dormirà con Ted, con il Todd e solo alla fine chiede a Kylie se lo può ospitare. Questa però è ancora titubante e decide di non farlo dormire a casa sua. Intanto al Sacro Cuore è arrivato un caro amico d'infanzia di Cox con suo figlio Nathan. Cox fa di tutto per far sembrare intelligente e bravo suo figlio Jack, ma non ci riesce. Nathan invece, anche se ha appena 1 anno, fa delle costruzioni di Lego grandi, belle e dai colori compatti. Cox comincia a sospettare quindi che sia autistico, ne ha la conferma quando neppure chiamando il bambino questo si gira e dal fatto che non guarda mai nessuno negli occhi. Turk e Carla nel frattempo si sono resi conto che senza J.D. sono tristi e per questo lo richiamano a casa loro. Quindi, capiscono che la loro relazione non è così salda come credevano. Alla fine Cox spiega al suo amico dei problemi di Nathan e l'uomo porta il figlio in cura da un dottore del Sacro Cuore.
