Kaito, uno studente di sedici anni delle scuole superiori con la passione per i puzzle; è in possesso del bracciale di Orfeo, un enigmatico oggetto che gli permette di sfruttare appieno le potenzialità del suo cervello, pur togliendogli ogni energia. Lui e la sua amica Nonoha trovano un puzzle irresolubile vicino la loro scuola. Il puzzle si rivela essere il pericolosissimo "puzzle del filosofo" creato dal misterioso gruppo P.O.G. (Puzzle Of God). Dopo essere riusciti a risolvere il puzzle, Kaito viene designato come Solver e, affiancato da alcun compagni, comincia la lotta contro il P.O.G. risolvendo i "puzzle del filosofo" in tutto il mondo.
