Mulder viene sbattuto in cella nell'Area 51, ma è rilasciato non appena si scopre che la scatola nera in suo possesso era fasulla. Scully finalmente realizza che il Mulder che ha sotto gli occhi non è il suo partner e torna nel Nevada con l'impostore come prigioniero. Nel frattempo il meccanismo che ha causato tutto il fenomeno sta tornando indietro come una sorta di elastico. Forse questa è l'unica occasione per rimettere le cose nel giusto ordine.