Don Matteo organizza un ritiro spirituale in un convento di monaci. Al pellegrinaggio partecipano tutti: Cecchini, sua moglie e Cosimo, Assuntina e Zappavigna, il PM Nardi e il suo cane Patatino e anche Giovanni e il Capitano Olivieri che, ricevendo l'invito dell'uomo la sera prima, equivoca che lui voglia ricominciare la storia con lei. In realtà Giovanni invita il Capitano anche per dirle che ha finalmente deciso di farsi prete, superando i dubbi che lo avevano pervaso fino a poco tempo prima, ma un bacio inaspettato in un momento di intimità rimette tutto in discussione. Arrivati al convento dopo mille peripezie (tra cui un esilarante incidente a Cecchini causato dal "genero" Zappavigna), Don Matteo scompare misteriosamente. La sera successiva viene ritrovato legato e imbavagliato in una stanza: quando il Maresciallo e gli altri lo liberano, il prete afferma di aver visto un cadavere dietro una cassapanca, ma effettivamente sembra che il corpo non ci sia. Come se non bastasse, viene rubato un manoscritto dal valore inestimabile. I nostri dovranno capire qual è il segreto che si cela dentro questa misteriosa abbazia. Intanto, in canonica a Spoleto, Pippo e Sofia sono alle prese con i capelli di Natalina, che rendono la perpetua più suscettibile che mai.
