Con la scomparsa del presidente e di metà della flotta Viper, l'ammiraglio Adama conduce le ricerche con scelte tali da rendere la flotta vulnerabile. Lee sconsiglia al vicepresidente (furente per l'operare dell'ammiraglio) di subentrare alla Roslin, poiché Adama con le sue forze militari non lo riconoscerebbe. Lee si mette alla ricerca di un possibile candidato ad interim, con l'aiuto del difensore del processo di Baltar. Nel frattempo l'ammiraglio fa arrestare Athena per l'omicidio della Sei. L'ammiraglio apprende poi dal dottore che la Sei imprigionata è incinta del comandante Tigh. Le ricerche dell'ammiraglio scoprono che la nave Resurrection è stata distrutta, ma nessuna traccia della nave scomparsa. Infine, Romo Lampkin riesce a far ragionare Adama facendogli capire che sta mettendo a rischio l'intera flotta perché coinvolto sentimentalmente nella ricerca dei dispersi e in particolare della Roslin. L'Ammiraglio decide dunque di non dividere più la flotta ma aspettare in un raptor sul punto del randezvous il ritorno della nave ribelle..Per questo rasenta le sue dimissioni, lasciando il comando a Tigh, a cui impartisce di liberare Athena come ultimo ordine. Per quanto riguarda la ricerca di un candidato alla presidenza, alla fine la scelta cade su Lee che presta giuramento.
