La Macchina identifica un'altra stagione avvincente di potenziali crimini che devono essere fermati. Avversari provenienti dal passato sotto copertura di Reese e dal lavoro governativo di Finch minacciano la missione di combattere il crimine del team e l'anonimato. Nel frattempo, i detective Carter e Fusco affrontano indagini dell'FBI e i pericolosi tentacoli della cospirazione della polizia conosciuta come "HR".