Nel tentativo di scongiurare la minaccia dei Life Model Decoys, Daisy e Simmons rimangono intrappolate nella realtà virtuale del Framework, in un mondo molto diverso dal nostro: il controllo è in mano all'organizzazione terroristica Hydra, per la quale lavorano May, Fitz e Daisy, la quale è anche legata sentimentalmente al redivivo Grant Ward. Quanto a Coulson, egli è un insegnante costretto a seguire le linee guida dell'Hydra, che dà la caccia agli Inumani, mentre Simmons è ufficialmente morta. Spetterà a lei e Daisy cercare di riportare tutto alla normalità, ma non sarà facile...