A harmadik évadban az ambiciózus Ralph Cifaretto tér vissza egy hosszú floridai távollétéből. Belegabalyodik Rosalie Aprile-be, a volt főnök, Jackie Aprile, Sr. özvegyébe. A személyes gyűlölete és az ártalmas viselkedésével szembeni (Ralph meggyilkolt egy sztriptíztáncost a Bada Bing! mögött, ezzel arra ösztönözve Tonyt, hogy megverje Őt, amivel megszegte a maffia szabályzatának tagok közötti viselkedésére vonatkozó részét) fenntartásai ellenére Tony előlépteti kapitánynak a munkában elért sikerei miatt. Meadow, aki immár a Columbia Egyetem első éves tanulója, randevúzni kezd Noah Tannenbaummal, aki többnemzetiségű; ezzel Tony rasszista haragjának céltáblájává válik, végül Noah szakít Meadow-val. Jackie Aprile, Jr. összejön Meadow-val, majd egyre jobban belegabalyodik a drogok és bűnök szövevényes hálójába. Tony eleinte igyekszik Jackie mentora lenni, de egyre türelmetlenebbé válik a különösen illetlen viselkedése miatt, főleg mivel a Meadow-val folytatott viszonya egyre komolyabbá válik. Tony tanácsai – és figyelmeztetése – ellenére Jackie kihúzza a gyufát egy balul sikerült rablási kísérlettel, amit Ralph kártyapartiján követ el. Tony úgy dönt Ralph-ra bízza, hogy milyen büntetést szán Jackie Jr.-nak. Annak ellenére, hogy Ő Jackie Jr. mostohaapja, végül úgy dönt, hogy megöleti. Livia sztrókban meghal. Tony viszonyt kezd Gloria Trillóval, aki szintén Dr. Melfi páciense. A kapcsolatuk rövid és viharos. Közben Dr. Melfit megerőszakolják. Juniornál gyomorrákot diagnosztizálnak, a kemoterápia hatására átmeneti javulást mutat. A.J. ismét bajba keveredik az iskolában, és a futballcsapattal elért sikerei ellenére, ezúttal kicsapják.
