L'incident a débuté à 12 h 40 min 28 s WST (GMT+8). L'avion volait à une altitude de 37 000 pieds (11 000 m), lorsque les pilotes reçurent un message électronique signalant une anomalie de fonctionnement du pilote automatique et du système de référence inertielle. Le pilote automatique fut automatiquement débrayé, puis l'avion monta de 200 pieds (60 m), sous contrôle manuel. Le pilote automatique fut ré-engagé lorsque l'appareil atteignit son niveau de vol initial, puis il fut débrayé, et ce pour le reste du vol. À 12 h 42 min 27 s, l'avion fit une brusque manœuvre non commandée vers le bas, enregistra -0.8 g, atteignant 8,4 degrés de piqué, et poursuivit une descente rapide de 650 pieds (200 m) en environ 20 secondes avant que les pilotes puissent ramener l'avion à son altitude de croisière. À 12 h 45 min 8 s, l'avion fit une seconde manœuvre non maîtrisée de nature similaire, pour atteindre cette fois 0,2 g, et 3,5 degrés de piqué au cours d'une descente de 400 pieds (120 m) en environ 16 secondes avant de revenir à son niveau de vol. Des passagers et membres d'équipage non-attachés ainsi que certains passagers ayant bouclé leur ceinture furent violemment projetés contre les parois de la cabine ou les compartiments à bagages. Les pilotes ont ensuite stabilisé l'avion et ont déclaré une situation d'urgence (un message code « pan-pan » fut émis, signalant une situation d'urgence) ; ce message fut ensuite remplacé par un message de détresse (« mayday ») lorsque l'équipage put prendre la pleine mesure du nombre de blessés. Quarante minutes plus tard, l'avion fit un atterrissage d'urgence à l'aéroport de Learmonth en Australie. On a recensé 12 blessés graves, 103 blessés légers pour 315 personnes à bord.
