Tandis que Sacha et ses Pokémon s'entraînent pour la ligue Pokémon d'Alola, ils effraient sans le vouloir un Celebi qui passait par là. Le Pokémon légendaire remonte dans le temps en entraînant Sacha et Matoufeu avec lui. Sans savoir qu'il est dans le passé, Sacha rencontre un jeune garçon dont il ignore qu'il est le futur professeur Euphorbe...