Trois ans après les événements qui ont bouleversé Wayward Pines, la première génération, menée par Jason, dirige la petite ville d'une poigne de fer. Quelques habitants, dont Ben Burke, ont tenté de se révolter pour mettre fin à cette dictature. Parallèlement, le docteur Theo Yedlin est réveillé de son hibernation : on a besoin de lui à l'hôpital, pour soigner Kate, grièvement blessée. Les derniers souvenirs de Theo remontent à l'ancien temps : il était en vacances à Hawaii avec sa femme, Rebecca...
