Un quartier-maître est abattu d'une balle en pleine tête sur les quais après avoir entendu un appel au secours. Quand Gibbs et ses collègues inspectent les alentours, ils trouvent une autre victime sous l'eau. Il s'agit d'un mafieux repenti qui faisait partie du programme de protection des témoins. Après une discussion avec un correspondant du bureau fédéral, il apparaît qu'une taupe sévit au sein du FBI.
