La voiture du commandant Nikki Shields, mère de famille, explose sur le parking d'un supermarché. Croyant à un acte de terrorisme, le FBI chargé de l'enquête débarque sur les lieux avant le NCIS, relayé à la protection civile. A l'époque, en Afghanistan, l'unité du commandant Shields avait bombardé des civils par erreur. Aujourd'hui, à quatre jours de son congé de fin de service, Nikki redeviendra une simple civile. Alors, Gibbs lance un ultimatum à son homologue du FBI, Lina Reyes, avant que le NCIS ne puisse plus se charger de la protection de la victime et de sa famille, dont la surveillance fait émerger quelques conflits sous-jacents. L'enquête mène finalement à une cellule d'Al-Qaeda dont le contact dans la région serait un ancien marines...
