Shido Itsuka, qui était un lycéen normal au lycée Raizen, rencontre le premier Esprit, Tohka, et éveille son pouvoir pour "sceller le pouvoir de l'Esprit". Bien qu'ils soient des êtres craints et détestés en raison de leur immense pouvoir, les Spirits ont toujours été seuls et ne connaissent que le combat et la mort. Shido, le seul au monde à avoir le pouvoir de sceller la puissance des Esprits, se lance dans des rendez-vous mortels avec les magnifiques Esprits afin de les sauver.
