Le conseil décide que le seul Kazuki ne pourra pas contenir les assauts répétés des Sphinx et qu'il est temsp de "recruter". Les jeunes dont le code génétique les rend compatibles avec les Fafner sont donc désignés pour rejoindre la base et y suivre un entraînement poussé. C'est un déchirement pour de nombreux parents car les missions qui leurs seront dévolues dans un futur proche mettront leurs vies en danger. Fumihiko Makabe, le nouveau chef depuis la mort de Seiichirô Kaname, prend également la décision de déplacer l'île...