Au début du XXIIe siècle est apparu le premier Festum. En éclatant, il répandit des spores qui stérilisèrent toute la population japonaise. pour tenter de stopper la probable extinction de l'humanité, le reste du monde décida de raser le japon en même temps que l'origine du fléau. Ayant anticipé les évènements, les japonais avient lancé le Projet Arcadia, un programme visant à créer des humains dans des uteri artificiels, des humains génétiquement aptes à résister à l'assimilation des festum et à piloter les Fafners, les seuls boucliers contre les envahisseurs. Réfugiés sur des îles artificielles, les descendants des japonais décidèrent de se désolidariser du reste du monde et lutter avec leurs propres armes. Du coté des Néo-Nations-Unies, la contre-offensive se prépare, surtout depuis qu'elle est en possession d'un modèle Nothung. Le dernier modèle de Fafner est l'oeuvre de Yôji Hino et Mitsuhiro Bartland, mais ses caractéristiques font qu'il n'existe pour le moment personne capable de le piloter. Mais au sein de l'Armée de l'Humanité, des personnes sont entrés en contact avec les Festums via des personnes assimilées, comme Akane Makabe, la mère de Kazuki...
