Quelque temps après le Premier Empire, au Monastère, les Ninjas reçoivent une invitation de la part du Roi Vangelis, au Royaume de Shintaro : une cité construite sur une montagne, extrêmement riche et prestigieuse. Les Ninjas et Wu embarquent aussitôt sur le Bounty. Les Ninjas arrivés à la Cité d'Ivoire, en pleine nuit, Cole surprend une créature dans sa chambre. Elle porte le collier de sa mère, Lilly. Le Ninja de la Terre décide de s'aventurer dans les mines condamnées de la ville avec la princesse Vania, la fille de Vangelis. Sous la ville, des créatures sont réduites en esclavage par un mystérieux personnage, le Sorcier au Crâne, et surveillées par une armée de squelettes, dans le but d'extraire de la pierre venge. Les Ninjas vont devoir mettre un terme au règne du Sorcier au Crâne tandis que Cole, avec Wu et Vania, va tenter d'en apprendre plus sur le "Spinjitzu Burst", un art ancestral, et à propos de sa mère, Lilly, ancienne Maîtresse de la Terre...
