Après que Al soit "devenu" la pierre philosophale, les deux frangins décident de rentrer à Rizembool. Dans leur ville natale, Winry est de retour et fait la connaissance d'une personne qui n'est autre que le père de nos deux héros. Loin de la, le Furher ordonne à Mustang et à ses hommes de partir à la recherche du hagane no renkinjutsushi et de son frère....